馬德里康普頓斯大學的歷史可以追溯到中世紀。1293年5月20日,西班牙國王桑丘四世(西班牙語:Sancho IV de Castilla)在埃納雷斯堡建立了一所綜合學校。1499年,教宗亞歷山大六世同意西斯內羅斯樞機的請求,在綜合學校的基礎上建立一所完全大學,並發佈教宗詔書以學校所在地埃納雷斯堡的拉丁語名稱(Complutum)為該大學命名為馬德里孔普魯騰西斯大學(Universitas Complutensis)。1836年學校搬到馬德里。1850年,合併一些院校後更名為馬德里大學(Universidad de Madrid),也叫中央大學(Universidad Central)。1970年恢復原名。