林起元,江蘇上元縣人,清朝官員。
吏員出身,官福建漳州府經歷。康熙二十三年(1684年),任福建台灣府經歷,隸屬於台灣道台灣府,主要從事台灣府府內典簿奏章的收發與校注,也分掌章奏文書。康熙二十五年(1686年)以憂去。