亞佛加厥 (軟體)
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首次发布 | 2009年10月23日 |
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当前版本 | |
源代码库 | |
编程语言 | C++ (Qt) |
操作系统 | Linux, Mac OS X, Microsoft Windows |
许可协议 | Avogadro 1:GNU通用公共许可证 Avogadro 2:3句版BSD许可证 |
网站 | avogadro.openmolecules.net |
亞佛加厥(英語:Avogadro)是一個分子編輯軟體,是一款自由軟體,被設計用於計算化學,分子建模,生物化學,材料科學, 以及相關領域的跨平台軟體[4][5][6][7]。並且提供添加插件,附加元件或外掛程式的功能[8]。其名稱是以義大利化學家亞佛加厥命名的。
特點
![](http://images.weserv.nl/?url=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/7/71/Loratadine-3d-vdW.png/250px-Loratadine-3d-vdW.png)
- 分子構造/編輯器可在Windows, Linux和Mac OS X三種平台上運作。
- 所有的源代碼皆發佈於GNU GPL(Avogadro 2則改用3句版BSD许可证授權)。
- 支援多國語言,目前有翻譯成中文、法語、德語、意大利語、俄語和西班牙語(預設語言為英文)。
- 支持多線程渲染和計算。
- 插件架構的開發,包括渲染、交互式工具、命令、和Python腳本。
- 能openbabel導入文件,輸入生成多種計算化學程序產生的封包、晶體和生物分子。
歷史
2007年5月17日發表了Avogadro,為第一次正式公測,也是該軟體首個發佈的版本,0.1.0版,截至2009年6月,已發布到0.9.8版,當時就已經包含了很完整的功能。
2009年6月12日,Avogadro被開源發表於Qt。6月23日,Avogadro榮獲SourceForge社區選 擇獎“院士項目”的獎項。10月23日,Avogadro改版並發布1.0正式版,並使用GNU GPLv2條款[9]。目前最新版本是1.1.1。
2013年4月11日,Avogadro專案釋出Avogadro 2的首個測試版本,其成為Open Chemistry軟體套裝的一部份[10] ,與其他兩個軟體可以一起使用,也能分開執行,使用Qt4重新編寫代碼,並加入了一系列的新功能,且改為使用3句版的BSD许可证授權。
功能
基本功能為分子編輯,創建及構造,並可選擇週期表上任意元素,透過更改元素資料庫,甚至能添加一些新的元素,如:電子偶素與渺子偶素。另外,程式附有自動加上氫功能,能依據酸鹼值添加氫原子,並附有分子結構最適化功能,能依據價電子排斥理論或分子軌域理論進行計算分子結構。
令外有額外的分子力學、生物化學、光譜學等功能,但是要先自行準備數據庫方可使用。
程式有內附測量功能,可測得鍵角與鍵長等分子物理量,並且能找出其分子的所有異構物。
缺點
由於資料庫資料有限,因此作出的分子結構會與實際值有所誤差,因此,使用軟體作出的一些數據僅供參考,應以實際實驗為主,軟體僅作為輔助功用。
例子
![](http://images.weserv.nl/?url=//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/9/9f/1-Propanethiol-3D-balls.png/220px-1-Propanethiol-3D-balls.png)
例如要製作一個丙硫醇,只需現任意將三個碳連接起來,在使用內附的加上氫功能,然後在任意碳上接一個硫,最後再使用分子結構最適化,程序會依據分子力學、元素資料、電負度、孤對電子數等資訊用不同的模型計算出最接近真實的分子結構。
三個碳 | 三個碳加上氫 | 分子結構最適化 |
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相关条目
參考文獻
- ^ http://sourceforge.net/projects/avogadro/files/avogadro/1.1.1/.
- ^ Release 1.1.1. 2016年5月26日 [2018年3月11日].
- ^ Avogadro 1.2.0.
- ^ Hanwell, Marcus D; Curtis, Donald E; Lonie, David C; Vandermeersch, Tim; Zurek, Eva; Hutchison, Geoffrey R. Avogadro: An advanced semantic chemical editor, visualization, and analysis platform. J. Cheminform. 2012, 4 (1): 17. PMC 3542060
. PMID 22889332. doi:10.1186/1758-2946-4-17.
- ^ Ral Mera-Adasme; Fernando Mendizbal; Claudio Olea-Azar; Sebastin Miranda-Rojas; Patricio Fuentealba. A Computationally Efficient and Reliable Bond Order Measure. J. Phys. Chem. A. 2011, 115 (17): 4397–4405. PMID 21469689. doi:10.1021/jp107498h.
- ^ Michael Salciccioli; Weiting Yu; Mark A. Barteau; Jingguang G. Chen; Dionisios G.Vlachos. Differentiation of O–H and C–H Bond Scission Mechanisms of Ethylene Glycol on Pt and Ni/Pt UsingTheory and Isotopic Labeling Experiments. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (20): 7996–8004. PMID 21526776. doi:10.1021/ja201801t.
- ^ Open Babeldocumentation Author: Geoffrey R Hutchison; Noel M O'Boyle; Blue Obelisk (Organization)
- ^ home page[永久失效連結]
- ^ 開發者網頁 (页面存档备份,存于互联网档案馆) sourceforge.net [2013-11-21]
- ^ Marcus Hanwell. First Open Chemistry Beta Release. [2013-12-16]. (原始内容存档于2015-08-13).
外部連結
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