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親水指數

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某種胺基酸親水指數(hydropathy index)是一個描述其支鏈親水性疏水性程度大小的值。「親水指數」於1982年被Jack Kyte與Russell Doolittle提出。[1]親水指數越大,這種胺基酸的疏水性就越強。

親水指數是根據蒸汽相轉移的ΔtrGmɵ以及在形成蛋白質時胺基酸在表面和內部的分布測算的。疏水性最強的兩種胺基酸分別是異亮氨酸(親水指數為4.5)與纈氨酸(親水指數為4.2);親水性最強的兩種胺基酸分別是精氨酸(親水指數為-4.5)和賴氨酸(親水指數為-3.9)。

20種常見胺基酸的親水指數(基於Kyte與Doolittle的數據,縮寫符號參見胺基酸)
R K N D Q E H P Y W S T G A M C F L V I
-4.5 -3.9 -3.5 -3.5 -3.5 -3.5 -3.2 -1.6 -1.3 -0.9 -0.8 -0.7 -0.4 1.8 1.9 2.5 2.8 3.8 4.2 4.5
Eisenberg consensus scale(ECS)提供的20種常見胺基酸的親水指數[2]
R K D Q N E H S T P Y C G A M W L V F I
-2.5 -1.5 -0.90 -0.85 -0.78 -0.74 -0.40 -0.18 -0.05 0.12 0.26 0.29 0.48 0.62 0.64 0.81 1.1 1.1 1.2 1.4

用途

親水指數在蛋白質結構的研究中十分重要。具有疏水性的胺基酸在蛋白質的三維結構中更常見於蛋白質的內部,而具有親水性的胺基酸更常出現在蛋白質的表面。

另一個重要用途是預測膜蛋白細胞膜中的分布。如果發現膜蛋白有連續二十個左右的胺基酸都具有較強的疏水性,那麼很有可能這一段胺基酸是膜蛋白橫跨細胞膜的部分。

參見

  1. ^ Kyte, Jack; Doolittle, Russell F. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein. Journal of Molecular Biology. 1982-05-05, 157 (1): 105–132 [2021-11-10]. ISSN 0022-2836. PMID 7108955. doi:10.1016/0022-2836(82)90515-0. (原始內容存檔於2017-08-05) (英語). 
  2. ^ Eisenberg, David. THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF MEMBRANE AND SURFACE PROTEINS. Annual Review of Biochemistry. 1984-06, 53 (1): 595–623 [2021-11-10]. ISSN 0066-4154. PMID 6383201. doi:10.1146/annurev.bi.53.070184.003115. (原始內容存檔於2022-04-19) (英語).