用户:Kakoui/豆芽纹之萌菌

根据ja:もやしもん建立，参考菌种介绍与真菌百科网页，可以参考的数据库还有Global Biodiversity Information Facility (GBIF)、microbes.info与Microbiology and Immunology On-line。

• 米麹菌（Aspergillus oryzae），麹菌属（Aspergillus），发菌科，创建完成，尚可以自日文版扩充
• 黑霉菌（Cladosporium trichoides），芽枝霉属（或枝孢霉属，分枝孢子菌属，Cladosporium），球腔菌科（Mycosphaerellaceae），球腔菌目（Mycosphaerellales），子囊菌纲（Ascomycetes），子囊菌门
• 产黄青霉菌（Penicillium chrysogenum），青霉属
• 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）
• 醋化醋杆菌（Acetobacter aceti），醋杆菌属（Acetobacter），醋杆菌科（Acetobacteraceae），红螺菌目
• 木醋醋化醋杆菌（Acetobacter xylinum），醋杆菌属（Acetobacter），醋杆菌科（Acetobacteraceae），红螺菌目
• 醋酸钙不动杆菌（Acinetobacter calcoaceticus），不动杆菌属（Acinetobacter），莫拉菌科（Moraxellaceae），假单胞菌目（Pseudomonadales），Γ-变形菌纲
• 广泛产碱杆菌（Alcaligenes latus），产碱菌属（或产碱杆菌属，Alcaligenes），产碱菌科（Alcaligenaceae），伯克氏菌目（Burkholderiales），Β-变形菌纲
• 蜜蜂球囊菌（Ascosphaera apis），球囊菌属（Ascosphaera），蘑从科（Meripilaceae），多孔菌目
• 互格链格孢菌（Alternaria alternata），链格孢属（Alternaria），格孢菌科（Pleosporaceae），格孢菌目（或假球壳目，Pleosporales），格孢菌亚纲（Pleosporomycetidae），座囊菌纲（Dothideomycetes），子囊菌亚门
• 黑酵母菌（或出芽短梗霉菌，Aureobasidium pullulans），黑管状黄柄霉菌属（Aureobasidium），小穴壳菌科（Dothioraceae），座囊菌目（或小穴壳菌目，Dothideales），座囊菌亚纲（Dothideomycetidae），座囊菌纲（Dothideomycetes），子囊菌亚门
• 泡盛麹菌（Aspergillus awamori），麹菌属（Aspergillus），发菌科
• 酱油麹菌（Aspergillus sojae），麹菌属（Aspergillus），发菌科
• 寄生麹菌（Aspergillus parasiticus），曲霉属（或麹菌属，Aspergillus），发菌科
• 薰烟麹菌（或烟色麹菌，Aspergillus fumigatus），曲霉属（Aspergillus），发菌科
• 黄麹菌（Aspergillus flavus），曲霉属（Aspergillus），发菌科，扩充完成完成
• 黑麹菌（Aspergillus niger），曲霉属（Aspergillus），发菌科
• 枯草杆菌（Bacillus subtilis）
• 嗜碱芽孢杆菌（或极端耐碱细菌，Bacillus halodurans），芽孢杆菌属
• 纳豆菌（Bacillus subtilis natto），芽孢杆菌属
• 双叉乳杆菌（或双叉双歧杆菌，Bifidobacterium bifidum），双歧杆菌属（Bifidobacterium），双歧杆菌科（Bifidobacteriaceae），双歧杆菌目（Bifidobacteriales），放线菌亚纲（Actinobacteridae），放线菌纲
• 灰葡萄孢菌（或灰霉菌，草莓灰霉病菌，贵腐霉菌，Botrytis cinerea），葡孢盘菌属（Botryotinia），核盘菌科（Sclerotiniceae），柔膜菌目（Helotiales），锤舌菌纲（Leotiomycetes），过去是盘菌纲（Discomycetes），子囊菌亚门
• 短短芽孢杆菌（Brevibacillus brevis），嗜热短杆菌属（或短芽孢杆菌属，Brevibacillus），类芽孢杆菌科（Paenibacillaceae），芽孢杆菌目（Bacillales），芽孢杆菌纲
• 树脂枝孢霉（Cladosporium resinae），芽枝霉属（或枝孢霉属，分枝孢子菌属，Cladosporium），球腔菌科（Mycosphaerellaceae），球腔菌目（Mycosphaerellales），子囊菌纲（Ascomycetes），子囊菌门
• 肉毒梭状杆菌（或腊肠杆菌，肉毒杆菌，Clostridium botulinum），梭菌属
• 产气荚膜梭状芽孢杆菌（或产气荚膜杆菌，产气荚膜梭菌，Clostridium perfringens），梭菌属
• 破伤风杆菌（或破伤风梭菌，Clostridium tetani），梭菌属
• 冬虫夏草（Cordyceps sinensis）
• 类白喉杆菌（Corynebacterium diphtheroid），棒杆菌属（Corynebacterium），棒杆菌科（Corynebacteriaceae），棒杆菌亚目（Corynebacterineae），放线菌目（Actinomycetales），放线菌亚纲（Actinobacteridae），放线菌纲
• 球毛壳菌（或球毛壳霉菌，Chaetomium globosum），毛壳菌属（Chaetomium），毛壳菌科（Chaetomiaceae），粪壳菌目（Sordariales），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• [[]]（Corollospora maritima），花冠菌属（Corollospora），Halosphaeriaceae科（Halosphaeriaceae

），Halosphaeriales目（Halosphaeriales），子囊菌纲（Ascomycetes），子囊菌门

• 耐辐射奇球菌（耐辐射球菌，抗辐射奇异球菌，Deinococcus radiodurans），异常球菌属（Deinococcus），异常球菌科（Deinococcaceae），异常球菌目（Deinococcales），异常球菌纲（Deinococci），异常球菌-栖热菌门
• 大肠杆菌（Escherichia coli）
• 阴沟肠杆菌（Enterobacter cloacae，见此），肠杆菌属
• 粉红镰刀菌（Fusarium roseum，参考Gibberella zeae的异名），镰孢菌属（新月菌属，镰刀菌属，Fusarium），丛赤壳科（Nectriaceae），肉座菌目（Hypocreales），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• 棉花枯萎病菌（尖孢镰刀菌，Fusarium vasinfectum），镰孢菌属（新月菌属，镰刀菌属，Fusarium），丛赤壳科（Nectriaceae），肉座菌目（Hypocreales），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• 地霉属（Geotrichum spp），内孢霉科（Endomycetaceae），酵母目（Saccharomycetales），半子囊菌纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 丛枝菌根菌（Glomus etunicatum），球囊霉属（或绣球属，Glomus），Glomeraceae科（Glomeraceae），Glomerales目（Glomerales），Glomeromycetes纲（Glomeromycetes），聚合菌门（Glomeromycota），真菌界
• 中生拟海壳菌（Halosphaeriopsis mediosetigera），拟海壳属（Halosphaeriopsis），Halosphaeriaceae科（Halosphaeriaceae），Halosphaeriales目（Halosphaeriales），肉座菌亚纲（Hypocreomycetidae），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• 幽门螺杆菌（Helicobacter pylori）
• 东方伊萨酵母（Issatchenkia orientalis），伊萨酵母属（Issatchenkia），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 流感病毒（influenza virus，インフルエンザウイルス）
• 酸酪乳杆菌（Lactobacillus casei），乳杆菌属
• 植物型乳杆菌（Lactobacillus sake），乳杆菌属
• 食果糖乳杆菌（或火落菌，Lactobacillus fructivorans），乳杆菌属
• 日本乳杆菌（或日产乳酸菌，Lactobacillus yogurti或Lactobacillus yogurt），乳杆菌属
• 香菇（Lentinula edodes）
• 皮屑芽胞菌（或形糠秕孢子菌，糠加疹小芽胞菌，秕糠马拉癣菌，糖秕疹小芽胞菌，糠枇小芽胞菌，Malassezia furfur），马拉色菌属（Malassezia），Herpotrichiellaceae科（Herpotrichiellaceae），刺盾炱目（Chaetothyriales），子囊菌纲（Ascomycetes），子囊菌门
• 蜂毛霉菌（或霉白霉菌，Mucor mucedo），毛霉属（Mucor），毛霉科（Mucoraceae），毛霉目（Mucorales），接合菌纲（Zygomycetes），接合菌门
• 微小毛霉菌（或渺小白霉菌，Mucor Pusillus），毛霉属（Mucor），毛霉科（Mucoraceae），毛霉目（Mucorales），接合菌纲（Zygomycetes），接合菌门
• 犬小芽胞菌（或犬小胞子霉菌，Microsporum canis），小孢子菌属（或小孢子癣菌属，Microsporum），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲团囊菌目（Onygenales），散囊菌纲
• 趋磁螺旋菌（Magnetospirillum magnetotacticum），磁螺菌属（Magnetospirillum），红螺菌科
• 腔隙莫拉菌（Moraxella lacunata），莫拉菌属（Moraxella），莫拉菌科（Moraxellaceae），假单胞菌目（Pseudomonadales），Γ-变形菌纲
• 甲烷菌（或产甲烷菌，甲烷生成菌，Methanogen）
• 诺罗病毒（Norovirus）
• 大肠杆菌O157:H7（出血性大肠杆菌，Escherichia coli O157:H7），大肠杆菌
• 痤疮丙酸杆菌（Propionibacterium acnes）
• 环状皮屑芽胞菌（卵圆皮屑芽胞菌，皮屑芽胞菌，Pityrosporum ovale，可能是Malassezia furfur），糠秕孢子菌属（瓶形酵母属，Pityrosporum），黑粉菌纲（Ustilaginomycetes），黑粉菌亚门（Ustilaginomycotina），担子菌门
• 常现青霉（或常见青霉，Penicillium frequentans），青霉属
• 类志贺邻单胞菌（Plesiomonas shigelloides），邻单胞菌属（Plesiomonas），肠杆菌科（Enterobacteriaceae），肠杆菌目（Enterobacteriales），Γ-变形菌纲
• 多头绒泡黏菌（Physarum polycephalum），绒泡黏菌属（Physarum），绒泡黏菌科（Physaraceae），绒泡黏菌目（Physarales），黏菌纲
• 深红酵母（Rhodotorula rubra），红酵母属（Rhodotorula），Sporidiobolaceae科（Sporidiobolaceae），担孢目（Sporidiales），锈菌纲（Urediniomycetes），Teliomycotina亚门（Teliomycotina），担子菌门
• 鼻病毒（Rhinovirus，RhV），鼻病毒属（Rhinovirus），微小核糖核酸病毒科
• 日本根霉菌（Rhizopus japonicus），根霉属
• 寡孢根霉菌（Rhizopus oligosporus），根霉属
• [[]]（Rubrobacter radiotolerans），红色杆菌属（Rubrobacter），红色杆菌科（Rubrobacteraceae），红色杆菌亚目（Rubrobacterineae），红色杆菌目（Rubrobacterales），红色杆菌亚纲（Rubrobacteridae），放线菌纲
• 葡萄汁酵母（Saccharomyces uvarum），酵母属（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 清酒酵母（Saccharomyces sake），酵母属（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae），酵母属（Saccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 酱油酵母（Saccharomyces rouxii，或鲁氏接合酵母，Zygosaccharomyces rouxii），酵母属（Saccharomyces），或是结合酵母属（Zygosaccharomyces），酵母科（或酵母菌科，Saccharomycetaceae），酵母目（或酵母菌目，Saccharomycetales），酵母纲（Saccharomycetes），酵母亚门（Saccharomycotina），子囊菌门
• 痢疾志贺氏菌（Shigella dysenteriae），志贺氏菌属
• 金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）
• 表皮葡萄球菌（或白色表皮葡萄球菌，Staphylococcus epidermidis），葡萄球菌属（Staphylococcus），葡萄球菌科（Staphylococcaceae），芽孢杆菌目（Bacillales），芽孢杆菌纲
• 乳酸乳球菌（或雷特氏乳球菌，乳酸球菌，Lactococcus lactis，过去是Streptococcus lactis，乳链球菌或乳酸链球菌，可参考此），乳球菌属（Lactococcus）或链球菌属（过去），链球菌科（Streptococcaceae），乳杆菌目（Lactobacillales），芽孢杆菌纲
• 藤黄八叠球菌（Sarcina lutea），八叠球菌属（或八基球菌属，八联球菌属，Sarcina），梭菌科（Clostridiaceae），梭菌目（Clostridiales），梭菌纲（Clostridia），厚壁菌门
• 嗜热栖热菌（或嗜热嗜热菌，高度嗜热菌，极端嗜热菌，Thermus thermophilus），栖热菌属（Thermus），栖热菌科（Thermaceae），栖热菌目（Thermales），异常球菌纲（Deinococci），异常球菌-栖热菌门
• [[]]（Tricocladium achrasporum，见此）与中生拟海壳菌（Halosphaeriopsis mediosetigera）有关
• 康宁木霉菌（Trichoderma koningii），木霉菌属（Trichoderma），肉座菌科（Hypocreaceae），肉座菌目（Hypocreales），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• 木素木霉菌（或哈茨木霉菌，Trichoderma harzianum），木霉菌属（Trichoderma），肉座菌科（Hypocreaceae），肉座菌目（Hypocreales），粪壳菌纲（Sordariomycetes），子囊菌亚门
• 松茸（Tricholoma matsutake）
• 须疮毛癣菌（石膏样毛癣菌，须疮小芽胞霉菌，Trichophyton mentagrophytes），发癣菌属（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲团囊菌目（Onygenales），散囊菌纲
• 断发癣菌（或断发毛癣菌，Trichophyton tonsurans），发癣菌属（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲团囊菌目（Onygenales），散囊菌纲
• 红色毛癣菌（Trichophyton rubrum），发癣菌属（Trichophyton），裸囊菌科（Arthrodermataceae），爪甲团囊菌目（Onygenales），散囊菌纲
• 放射鱼雷饱菌（Torpedospora radiata），鱼雷孢属（Torpedospora），子囊菌纲（Ascomycetes），子囊菌门
• 霍乱弧菌（Vibrio cholerae）
• 副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus）
• 野油菜黄单胞菌（Xanthomonas campestris），黄色单胞菌属（Xanthomonas），黄色单胞菌科（Xanthomonadaceae），黄色单胞菌目（Xanthomonadales），Γ-变形菌纲
• 毛囊蠕行蹒（或毛囊螨，毛囊恙虫，Demodex folliculorum），蠕形螨属
• 皮脂腺蠕形螨（或短螨，皮脂螨，Demodex brevis），蠕形螨属