庄秉元(?—?),中国清朝武官官员,本籍福建。行伍出身的庄秉元于1818年(嘉庆23年)奉旨接替萧得华,于台湾地区担任澎湖水师协副将。而隶属台湾镇之下的此官职职等为正二品,是台湾清治时期的这阶段,扼守台湾海峡的重要武将,并统帅两标水营,数千名水师兵勇。