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函馆圣约翰教堂（日语：函館聖ヨハネ教会）是位于日本北海道函馆市的一座日本圣公会北海道教区的教堂。函馆圣约翰教堂以其棕色的屋顶和外墙的十字架为特征，屋顶也是十字架形。自函馆山山顶可看见函馆圣约翰教堂的十字架。函馆圣约翰教堂也是函馆西部元町地区最具代表性的三座教堂之一（另外两座是函馆正教会和元町天主堂）。