司馬玄（？—367年），東晉宗室，彭城穆王司馬權玄孫，彭城元王司馬植曾孫，彭城康王司馬釋之孫，彭城王司馬紘長子。
建興末年，晉元帝承制，以司馬紘為高密王司馬據之後嗣。其後司馬紘歸本宗，立司馬玄的弟弟司馬俊為高密王。咸康八年（342年）八月司馬紘去世，司馬玄襲封彭城王（治今江蘇省徐州市）。庚戌制不得藏戶，司馬玄匿五戶，桓溫上表彈劾司馬玄犯禁，收付廷尉。既而赦免，官至中書侍郎。太和二年（367年）十月乙巳，司馬玄去世。子司馬弘之嗣位。
