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深海病毒科

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深海病毒科
病毒分類 編輯
(未分級) 病毒 Virus
域: 核糖病毒域 Riboviria
界: 正核糖病毒界 Orthornavirae
門: 小核糖病毒門 Pisuviricota
綱: 小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目: 套式病毒目 Nidovirales
科: 深海病毒科 Abyssoviridae
屬: 甲型深海病毒屬 Alphaabyssovirus
亞屬與種
  • 甲型深海病毒屬(Alphaabyssovirus
    • 海兔深海病毒一型(Aplysia abyssovirus 1

深海病毒科學名:Abyssoviridae)是網巢病毒目的一個,為具包膜正單鏈RNA病毒,本科為一單型分類單元,僅包含甲型深海病毒屬Alphaabyssovirus)一個屬,該屬亦為單型,僅有海兔深海病毒一型Aplysia abyssovirus 1,AAbV)一種[1],為感染加州海兔英語California sea hare的病毒,由美國國家生物技術資訊中心(NCBI)公開的轉錄組霰彈槍序列組裝(transcriptome shotgun assembly) 與表現序列標籤英語expressed sequence tag數據庫中經BLAST比對發現,於2018年發表[2]

命名

深海病毒科的學名得名自英文的"abyss"(意指「深淵」),除了指本科病毒感染的宿主海兔生存於海洋外,還指傳說中居於地下深處的蘇美神祇阿勃祖,亦指此病毒為透過深度定序英語Coverage (genetics)技術自序列數據庫中發現[2]

病毒學

加州海兔

海兔深海病毒一型的基因組長35,913nt,為已知RNA病毒中基因組大小次大者,僅次於同屬網巢病毒目之渦蟲分泌細胞網巢病毒(PSCNV)的41,103nt[2][3]。AAbV的基因組包含兩個開放閱讀框(ORF),一為典型網巢病毒的ORF1a與ORF1b融合而成,一為其3'端編碼結構蛋白的開放閱讀框ORF2,另外還有長74nt的5'UTR與長964nt的3'UTR[2]

相較於其他網巢病毒的ORF1a與ORF1b間有一促進-1核糖體移碼的序列,AAbV的ORF1中與ORF1a和ORF1b同源的區域間有一同框的終止密碼子UGA與一促進轉譯連讀的序列,使部分核糖體轉譯至此時發生連讀而繼續轉譯ORF1b的序列,以此調控ORF1b編碼蛋白的表現[2]

參考文獻

  1. ^ Virus Taxonomy: 2018 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). October 2018 [26 January 2019]. (原始內容存檔於4 March 2018). 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 2.4 Bukhari, Khulud; Mulley, Geraldine; Gulyaeva, Anastasia A.; Zhao, Lanying; Shu, Guocheng; Jiang, Jianping; Neuman, Benjamin W. Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.. Virology. 2018, 524: 160–171. ISSN 0042-6822. OCLC 7856217008. PMC 7112036可免費查閱. PMID 30199753. doi:10.1016/j.virol.2018.08.010可免費查閱 (英語). 
  3. ^ Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A.; Brubacher, John L.; Newmark, Phillip A.; Gorbalenya, Alexander E. A planarian nidovirus expands the limits of RNA genome size. PLOS Pathogens. 2018-11-01, 14 (11): e1007314. PMC 6211748可免費查閱. PMID 30383829. doi:10.1371/journal.ppat.1007314.