Clustal

CLUSTAL
開發者	Des Higgins; Fabian Sievers; David Dineen; Andreas Wilm （全為都柏林大學康維研究所員工）;
當前版本	1.2.2 (2016年7月1日，8年前)
編程語言	C++
操作系統	UNIX、Linux、MacOS、Microsoft Windows、FreeBSD、Debian
類型	生物信息學工具
許可協議	GNU General Public License, version 2
網站	www.clustal.org/omega/

Clustal是一類用於多重序列比對的生物信息學計算機程序^[2]。

版本

Clustal軟件有如下幾個版本：

Clustal：最早的版本，由Des Higgins在1988年發表^[3]
ClustalV：Clustal的第二個版本，1992年發布^[4]
ClustalW：Clustal的第三個版本，1994年發布^[3]
ClustalX：Clustal的第四個版本，1997年發布^[5]

參考資料

^ See file COPYING, in source archive [1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）. Accessed 2014-01-15.
^ Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R; Gibson TJ; Higgins DG; Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Research. July 2003, 31 (13): 3497–500. PMC 168907 . PMID 12824352. doi:10.1093/nar/gkg500.
^ ^3.0 ^3.1 Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988, 73 (1): 237–44. PMID 3243435. doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7.
^ Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992, 8 (2): 189–91. PMID 1591615. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189.
^ Thompson JD; Gibson TJ; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research. December 1997, 25 (24): 4876–82. PMC 147148 . PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876.

外部連結

Clustal Homepage （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） (free Unix/Linux, Mac, and Windows download)
Clustal Omega mirror at the EBI （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）

[1] See file COPYING, in source archive [1] （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）. Accessed 2014-01-15.

[Chenna2003-2] Chenna R; Sugawara H; Koike T; Lopez R; Gibson TJ; Higgins DG; Thompson JD. Multiple sequence alignment with the Clustal series of programs. Nucleic Acids Research. July 2003, 31 (13): 3497–500. PMC 168907 . PMID 12824352. doi:10.1093/nar/gkg500.

[pmid3243435-3] 3.0 ^3.1 Higgins DG, Sharp PM. CLUSTAL: a package for performing multiple sequence alignment on a microcomputer. Gene. December 1988, 73 (1): 237–44. PMID 3243435. doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7.

[pmid1591615-4] Higgins DG, Bleasby AJ, Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Computer Applications in the Biosciences. April 1992, 8 (2): 189–91. PMID 1591615. doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189.

[Thompson1997-5] Thompson JD; Gibson TJ; Plewniak F; Jeanmougin F; Higgins DG. The CLUSTAL_X windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools. Nucleic Acids Research. December 1997, 25 (24): 4876–82. PMC 147148 . PMID 9396791. doi:10.1093/nar/25.24.4876.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

閱論編生物信息學
數據庫	測序數據庫：GenBank、European Nucleotide Archive（英語：European Nucleotide Archive）、日本DNA數據庫(DDBJ) 輔助數據庫：UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和蛋白質信息資源（英語：Protein Information Resource）其它數據庫：蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro（英語：InterPro）專項基因組數據庫：酵母基因組數據庫（英語：Saccharomyces Genome Database）、FlyBase（英語：FlyBase）、VectorBase（英語：VectorBase）、PomBase、WormBase（英語：WormBase）、PHI-base（英語：PHI-base）、擬南芥信息資源（英語：The Arabidopsis Information Resource）與斑馬魚信息網（英語：Zebrafish Information Network）
軟件	BLAST Bowtie Clustal EMBOSS（英語：EMBOSS） HMMER（英語：HMMER） MUSCLE SAMtools（英語：SAMtools） TopHat（英語：TopHat (bioinformatics)）
其它	服務器：ExPASy（英語：ExPASy）本體論：基因本體
機構	歐洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 歐洲分子生物學實驗室(EMBL) 美國國家生物技術信息中心（NCBI）瑞士生物信息學研究所（英語：Swiss Institute of Bioinformatics）日本國立遺傳學研究所博德研究所（英語：Broad Institute）維康桑格研究所斯克里普斯研究所(TSRI)
文件格式	FASTA格式 FASTQ格式斯德哥爾摩格式（英語：Stockholm format）
有關議題	計算生物學分子系統發生學測序序列比對
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